Nació en Siedliska cerca de Rzeszów, en Polonia. Sus padres, eran campesinos y propietarios de una modesta granja. Terminada la enseñanza primaria, ingresó al Colegio Salesiano de Oswiecim (Auschwitz). Hizo su profesión como salesiano en 1928 en Czerwinsk y fue ordenado sacerdote el 29 de mayo de 1938 en Cracovia. Fue nombrado secretario inspectorial. En la parroquia atendía el coro juvenil y se ocupaba de los jóvenes más difíciles. En 1939 Polonia fue ocupada, pero los Salesianos continuaron su labor educativa. Ese fue el motivo del dramático arresto acaecido el 23 de mayo de 1941: la Gestapo arrestó al Padre Kowalski junto con otros once Salesianos que estaban trabajaban en Cracovia.
Al principio fue internado en la prisión de Motelupich en la misma ciudad; de allí el 26 de junio lo llevaron al campo de concentración de Auschwitz. Allí se le dio el número 17.350. En el campo de concentración ejerció en secreto un apostolado: confesaba, celebraba Misas, rezaba el Rosario, daba conferencias clandestinas, también sobre Don Bosco, reforzando en los compañeros prisioneros con la voluntad de luchar por su supervivencia. Fue sometido a sufrimientos y humillaciones.
Cuando fue descubierto con un Rosario, se rehusó a pisotearlo, acelerando así su martirio. Su cuerpo fue primero tirado en el vertedero de los excrementos, después fue quemado en el crematorio del campo. Sus compatriotas empezaron a venerar su memoria, considerando que su sacrificio había hecho fructificar vocaciones en Polonia. Fue beatificado por el papa Juan Pablo II el 13 de junio de 1999.
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