Pasó luego a la parroquia de Zapotlanejo, como capellán en Matatlán (Guadalajara-Méjico). Durante 26 años derramó la caridad de su ministerio en esa capellanía. Fomentó las devociones al Corazón de Jesús y a María y diversas asociaciones cristianas, combatió el alcoholismo y restauró el templo de su capellanía.
Su acción pastoral se caracterizó por la bondad, la responsabilidad y la entrega a todos, sin distinción de clase. Se cuenta que teniendo un día dolor grave de muelas, hizo caso omiso de su salud, y se fue a atender a un enfermo. Cuando quiso poner remedio a su mal, ya era tarde: tenía una infección, que fue necesario operar y le tuvieron que amputar una parte del maxilar. Al comenzar la persecución se ocultó en el rancho de Colimilla, donde celebraba misa.
Un antiguo compañero a quién el padre Flores había protegido le denunció ante las autoridades; fue arrestado y llevado al antiguo curato de Zapotlanejo, convertido en cuartel y allí le animaron a renunciar a su conciencia y reconocer las leyes de control sobre la Iglesia, pero él contestó: "Antes morir que fallarle a Dios". Lo llevaron al cementerio de la población y quisieron ahorcarlo, y comenzaron a subirlo y bajarlo por su inexperiencia en ahorcar.
Entonces sacaron las armas con intención de dispararle, pero el padre Flores dijo: “Si le he administrado el sacramento a alguno, no me mate porque se mancharía”. Entonces uno de los soldados se negó a disparar porque había sido bautizado por él. Mataron al joven y luego, al intentar matarlo se les encasquillaron las armas, entonces el comandante Anastasio Valdivia le degolló con un machete. Está enterrado en el cementerio de Matatlán.
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