Nació en Fitero (Navarra). Hijo natural del marqués de Ariza. Los primeros años de su vida era conocido como Juan Navarro porque Pedro y María Navarro, criados del marqués, lo recogieron y adoptaron como hijo suyo. A los diez años de edad, el marqués de Ariza reconoció a Juan quien tomó los apellidos Palafox y Mendoza.
A temprana edad Don Juan mostró interés por dedicarse a la carrera militar, pero, obedeciendo los deseos de su padre, decidió asistir a las universidades de Salamanca y Alcalá. Los años que pasó en la universidad fueron buenos en el aspecto académico, pero Don Juan también se entregó a los placeres mundanos. De él se dice que era un caballero galante, aunque nunca traspasó los límites de las conveniencias sociales y evitó el escándalo.
En 1626 el Ministro supremo del rey Felipe IV lo invitó a Madrid para que ahí pudiera emplear mejor todas sus capacidades. Tan pronto llegó a la capital española se le dio el puesto de Fiscalía del Consejo de Guerra y poco después la del Consejo de Indias. Después de trabajar algún tiempo en la Corte, Don Juan de Palafox decidió seguir la vocación eclesiástica. En 1629 el rey lo nombró capellán y limosnero de María de Austria. Debido a este encargo, viajó a Alemania, Italia, Francia, entre otros países europeos.
A su regreso fue presentado como nuevo obispo de Puebla con el título de visitador y Juez de Residencia de los virreyes. En Puebla uno de sus mayores logros fue la conclusión de la construcción de la catedral. En 1649, tan sólo nueve años después de su llegada, celebró la dedicación del santuario.
Durante su gobierno pastoral se erigió el Colegio de San Pedro y San Pablo y logró que el rey le diera a las nuevas instituciones el título de Real. El obispo dotó al Colegio de San Pablo con una enorme biblioteca, hoy conocida como Palafoxiana. De la misma forma, fundó el convento de religiosas dominicas de Santa Inés, un colegio de niñas huérfanas y formó las ordenanzas del hospital de San Pedro. Fue un prelado de grandes virtudes, formador del clero. Durante su estancia en Puebla, Don Juan de Palafox tuvo muchos problemas con los miembros de la Compañía de Jesús. El obispo llegó a suspender las licencias que tenían los jesuitas para predicar, lo cual provocó un enorme escándalo en toda la Nueva España.
En esta época España estaba en guerra con Portugal. Cualquier funcionario del que se sospechara tener simpatías con el enemigo sería removido de su cargo. Don Juan, por encargo del rey, se dedicó a espiar al virrey Don Diego López Pacheco Cabrera y Bobadilla, quien era miembro de una familia portuguesa.
En 1643, después de la muerte de Feliciano de la Vega, el cabildo eclesiástico nombró a Palafox de Mendoza nuevo Arzobispo de México. Tan pronto llegó a la ciudad destituyó al virrey por simpatizar con los portugueses y tomó en sus manos el poder civil convirtiéndose en nuevo gobernante de la Nueva España. Cinco meses duró su gobierno como virrey y como Arzobispo de México, tiempo en el cual estableció doce compañías de milicias, visitó colegios, dio leyes a la Universidad y continuó con las visitas a los tribunales. Renunció a su cargo de virrey y de arzobispo.
En 1648 llegó a Puebla una carta del rey mediante la cual mandaba llamar a Don Juan a Madrid para rendir un informe de sus acciones en Méjico. Después de haber sido Arzobispo de México, obispo de Puebla y virrey de la Nueva España, Palafox llegó a Madrid y fue tratado con desprecio por el rey, quien lo nombró obispo de Osma. Aquí fomentó la Escuela de Cristo para la preparación de un laicado consciente. Entres sus escritos, tanto en su etapa americana como peninsular, destacan “Varón de deseos”, “Historia real sagrada”, “El pastor de Nochebuena”, “La trompeta de Ezequiel” o “Naturaleza y virtudes del indio”, por citar sólo unos pocos ejemplos. El prelado siguió ejerciendo la caridad en el pobre obispado de Osma hasta su muerte.
De esta gran personalidad, ya inminente beato, Benedicto XIV firmó en 1726 la introducción de su causa, Benedicto XIV abrió el camino para la aprobación de sus escritos en 1758 y en nuestros días Benedicto XVI lo beatificó el 5 de junio de 2011.
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