Hijo del conde de Arona, Gilberto Borromeo y de Margarita de Médicis, hermana del futuro Pío IV. Nació en el castillo de Arona junto al lago Mayor y a los 7 años fue destinado a la carrera eclesiástica, fue tonsurado y obtuvo en encomienda la abadía de los Santos Gratiniano y Felino, en Arona, feudo familiar, y después otros beneficios eclesiásticos; a los 14 años entró en la universidad de Milán, donde se doctoró en Derecho civil y canónico en la de Pavía. Fue un hombre como muchísima limitaciones humanas: tímido, silencioso, con un defecto en el habla que nunca llegó a superar, lento en el razonar y con escasa simpatía natural, pero con una gran ascesis personal consiguió vencer sus dificultades.
Sufrió el nepotismo de los papas, su tío Pío IV le hizo cardenal diácono del título de Santa Práxedes y secretario de estado a los 22 años, sin ser sacerdote. En esta época era un joven piadoso, que no quería ser sacerdote, sino ser un joven preocupado por el honor de la familia, por ello casó a su hermano Federico con Virginia de la Rovere, hija del duque de Urbino, y a su vez pariente de varios papas anteriores. En Roma fundó la Academia de las Noches vaticanas (1562-1565), lugar de eruditas discusiones en las que se trataron temas de las Escrituras y de los Santos Padres.
En 1562, tras la muerte de su hermano, desmintiendo rumores que auspiciaban su vuelta al mundo para hacerse cargo del título nobiliario y de continuar una familia, demostró su opción irrevocable, y a los 24 años se hizo ordenar sacerdote. Fue su conversión, al contemplar la futilidad del mundo. Se puso bajo la dirección espiritual del jesuita Juan Bautista de Ribera y trabó amistad con el beato Bartolomé de Braga, arzobispo de Braga. Fue nombrado al mismo tiempo arzobispo de Milán (con la obligación de permanecer en Roma), además de administrador de las legaciones de Bolonia, Romaña y más tarde en Las Marcas. Pero en la Curia romana empezó enseguida a condenar los abusos y excesos, ganándose muchas enemistades. En 1565 entró en Milán como cardenal arzobispo (hacía 80 años que ningún obispo milanés había ocupado la sede), y allí impuso las directrices del concilio de Trento. "Las almas se ganan con las rodillas", solía decir. Terminado el concilio trabajó estrechamente desde la Congregación del concilio para la reforma del clero a quien ayudó su íntimo amigo san Felipe Neri; influyó en su tío para que en el último consistorio nombrase cardenales sólo a personas de conducta ejemplarmente religiosas. Tuvo permiso del papa san Pío V (al que él mismo había ejercido un fuerte papel para que se elevara al trono de Pedro a este dominico) para residir en su diócesis de Milán, como tanto deseaba. Inició las reformas establecidas en el Concilio de Trento: suprimió parroquias en las ciudades y las erigió en los campos. Fomentó los vicariatos rurales y reformó el clero. Fundó el seminario mayor y varios menores. Fundo la Congregación de los Oblatos de San Ambrosio (colegio de los Borromeos), congregación de sacerdotes seculares, para que fuesen los directores de los seminarios. Dio la primera comunión a san Luis Gonzaga.
Nombrado en 1560, protector de la nación suiza, hizo visitas pastorales para reprimir los abusos y restablecer la disciplina eclesiástica. Y como tenía jurisdicción igualmente sobre tierras vénetas, genovesas y novaresas (además de las milanesas), tuvo que visitar innumerables parroquias, convocando sínodos diocesanos y seis concilios provinciales (1565-1582). En el clima de la dominación española en Lombardía, Carlos supo oponerse a las pretensiones de los gobernadores, llegando en 1579, a excomulgar a uno (Requesens), oponiéndose asimismo a la introducción de la Inquisición española en su diócesis, patrocinada por Felipe II. Supo resistir también a unos canónigos (de Santa María de la Scala), que lo rechazaron cuando quería entrar en su basílica, y a la opulencia sin medida de la congregación de los Humillados, hasta sufrir un atentado (1569), afortunadamente sin consecuencias, a pesar de que había sido advertido por santa Catalina de Ricci de que sufriría este atentado. Por ello suprimió la primera Orden de los Humillados, fundiendo su Tercera orden con confraternidades parecidas.
En 1576 sobrevino una peste en Milán, y él fue el primero en ayudar a los necesitados, legándolo todo hasta la cama y vendió su principado napolitano de Oria para socorrer la miseria pública. Descalzo con una cuerda en el cuello seguía las procesiones penitenciales del Santo Clavo para implorar el final de la plaga. Organizó lazaretos, y movilizó a los sacerdotes y monjes como enfermeros. La epidemia se cobró unas 20.000 víctimas. Fue un santo de una gran eficiencia espiritual y material, pastor que se ocupó sobre todo de la enseñanza religiosa -escuelas y seminarios- de la ejemplaridad del clero, de los que vivían fuera de la Iglesia. "Todo lo que hagáis, que sea por amor; así venceremos fácilmente las dificultades que inevitablemente experimentamos cada día...; así tendremos fuerzas para dar a luz a Cristo en nosotros y en los demás".
A los 46 años, después de haber transcurrido en el santuario preferido, en el monte de Varallo (Novara), su último domingo de Pascua, hizo confesión general, reconociendo todos los errores de su vida. Murió en Milán, adonde se había hecho trasladar exhausto. San Carlos fue oficialmente canonizado por Paulo V en 1610. Patrón de Milán.
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