Nació en Skoczów en la Silesia austriaca. Al morir sus padres cuando era un niño, se fue a vivir con hermanastro mayor a Príbor, Moravia; aquí estudió en los jesuitas, hasta que tuvieron que cerrar el colegio por culpa de la peste en 1599, y tuvo que marcharse a Praga en otro colegio de la Compañía. Obtuvo el magisterio en Filosofía en 1603. En 1604 empezó la Teología en Graz, Austria.
En 1606, abandonó la carrera sacerdotal y se decidió por el matrimonio, firmando un contrato matrimonial con una joven luterana, Ana Plaska, para cuya dote adquirió algunas propiedades, pero la novia falleció antes del matrimonio y Juan volvió a su antigua vocación sacerdotal. En 1609 fue ordenado sacerdote en la ciudad de Brno. Primero fue coadjutor de su hermano Nicolás en Jaktar, luego en Unicov. Arrestado su hermano, a Juan también le arrestaron sospechando que era antiimperial, pero al no poder probar nada, lo soltaron.
En 1611 fue nombrado párroco de Chavarty, junto a Olomuc, donde tuvo problemas con la feligresía pues se negaba a cantar en lengua vulgar durante la misa. Como el cardenal Dietrichstein no le dio la razón tuvo que abandonar la parroquia. En 1612 fue párroco en Zdouek, donde trabajó tres años con gran intensidad apostólica, fue trasladado a Bakowice, en donde había una nutrida comunidad de Hermanos Moravos, protestantes, y en 1616 fue nombrado párroco de Holleschau en Moravia, sede del movimiento protestante hussita, y de los hermanos moravos. Tenía una misión: avalar la instalación de un colegio jesuita. Convirtió a muchos hussitas y hermanos bohemios.
En 1618, a principios de la guerra de los treinta años, se levantó una revuelta en Moravia; los protestantes tomaron las riendas del gobierno y empezaron a perseguir a todas las instituciones católicas. Por consejo dé sus amigos, san Juan salió de Holleschau y se fue a Cracovia, donde permaneció por algunos meses. Tan pronto como la prudencia se lo aconsejó, volvió a su parroquia y comenzó a reorganizar su dispersada grey. El país se encontraba en completo desorden; en febrero de 1620, las tropas polacas del rey Segismundo II Vasa, enviadas a ayudar al emperador, entraron en Moravia, cometiendo toda clase de pillajes. Cuando se acercaban a Holleschau, Sarkander, a la cabeza de sus feligreses, salió a encontrarlos, llevando consigo el Santísimo Sacramento. Como piadosos cristianos, los polacos desmontaron de sus cabalgaduras, se arrodillaron y pidieron la bendición al sacerdote. No solamente dejaron a Holleschau intacto, sino que dieron orden a las tropas que los seguían de pasar sin tocar la población.
Sarkander fue el héroe de Holleschau, pero con esto firmó su sentencia de muerte. Bitowsky, su enemigo, lo acusó inmediatamente de haber traído a los polacos al país. Su viaje a Polonia fue mal interpretado y fue declarado culpable de haber planeado la incursión polaca, como agente del barón de Moravia, Ladislao Poppel von Lobkovitz. Lo llevaron a Olmutz, fue puesto en cadenas y confinado a un calabozo subterráneo. La comisión que se encargó de su caso estaba casi totalmente formada por husitas. Le instaron a declarar quién había traído a las tropas polacas, y qué cosas le había revelado el barón von Lobkovitz en confesión. Sarkander negó el haber tenido que ver con la incursión polaca, y se rehusó terminantemente a divulgar los secretos de confesión. Fue atormentado en el caballete en la forma más ruda; luego le hicieron quemaduras con antorchas. Aun así, después de haberle dado tormento otra vez más durante tres horas consecutivas, le fue untada una mezcla de resina, sulfuro y aceite y luego le prendieron fuego. Sobrevivió un mes a estas atrocidades, en el que continuamente oraba, hasta que el 17 de marzo, después de recibir los últimos sacramentos, apaciblemente fue a gozar de su recompensa.
Las palabras que dijo Sarkander a aquellos que querían hacerle revelar los secretos de confesión son dignas de mención: «No sé nada, y nada me ha sido confiado a mí en el santo sacramento de la penitencia. Cualquier cosa que se me haya confiado en confesión, no ha sido retenida en mi memoria; la enterré en el olvido para veneración del inviolable secreto de la confesión y con la ayuda de Dios prefiero ser hecho pedazos, antes que violar sacrílegamente este sacramento».
La noticia de una muerte tan cruel se difundió rápidamente y dio origen a una veneración que se ha mantenido hasta nuestros días, especialmente en Moravia, Silesia y en todas las regiones del ex imperio de Austria. El proceso de beatificación fue introducido en 1715, pero las vicisitudes históricas poco favorables no permitieron concluirlo antes del 11 de septiembre de 1859. El papa Pio IX lo proclamó beato, el 6 de mayo de 1860, y el papa Juan Pablo II lo canonizó el 21 de mayo de 1995.
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